Jean-Claude Vanden Eynden studeerde, zowel aan het Muziekconservatorium als later aan de Muziekkapel Koningin Elisabeth, onder de leiding van Eduardo del Pueyo.  Nauwelijks zestien jaar oud werd hij laureaat van de Koningin Elisabethwedstrijd, waarna hij zijn carrière als solist startte, die hem naar alle continenten bracht.

Hij speelde samen met vele symfonische orkesten, waaronder dit van Sint Petersburg, het Royal Philharmonic Orchestra van Londen, het Residentie-Orkest van Den Haag en diverse Belgische orkesten. Hij musiceerde samen met orkesten als I Fiamminghi en Franz Liszt (Boedapest), en werkte samen met befaamde orkestleiders, bijvoorbeeld Rudolf Barshaï, Paul Kletsky en ook nog Yuri Temirkanov.

Met de volgende gerenommeerde partners voerde Jean-Claude Vanden Eynden kamermuziek uit : Véronique Bogaerts, Marie Hallynck, Augustin Dumay, Silvia Marcovici, Michaela Martin, Miriam Fried, Gérard Caussé, Frans Helmerson, José Van Dam, Walter Boeykens, het Enesco kwartet, het Melos kwartet, het Ysaije kwartet, het César Franck Ensemble...

Zijn repertorium omvat de meeste grote concerto's, een ruim gamma aan kamermuziek en het volledige oevre voor piano-solo van Maurice Ravel.  In zijn zeer gevariëerde discografie komen onder andere de concerto's van Grieg en Arthur De Greef (wereldpremière), de Sonata voor viool en piano van Lekeu (met Philippe Hirshorn) en de sonates in trio voor klarinet van Brahms (met Walter Boeykens) voor.

Jean-Claude Vanden Eynden treedt geregeld op als jurylid voor de Internationale Wedstrijd Koningin Elisabeth en voor andere internationale wedstrijden.  Hij nam deel aan de festivals van Korsholm (Finland), Umea (Zweden), Prades (Frankrijk) en Stavelot, waar hij sinds 1987 artistiek raadgever is.

Momenteel is hij professor aan het Koninklijk Muziekconservatorium van Brussel, de Muziekkapel Koningin Elisabeth en aan het Europees Centrum voor Pianomeesterschap Eduardo del Pueyo, waarvan hij artistiek directeur is.